Deux mille enfants juifs âgés de moins de 8 ans ont été déportés en 1496 sur l’île de São-Tomé, en Afrique centrale.
Dès 1496, les souverains espagnols forcèrent le Portugal à expulser les Juifs. Des milliers d'entre eux, Espagnols et Portugais, trouvèrent "refuge" sur les côtes africaines, notamment au Maroc, en Algérie, en Libye et en Egypte pour un grand nombre, mais aussi dans les comptoirs portugais du Cap Vert, de São-Tomé, d’Angola ou du Mozambique… Les îles du Cap Vert seront le premier territoire investi par les Portugais.
En 1496, le roi du Portugal, Manuel Ier prend, la décision d’exiler de force des milliers de Juifs dans les îles de São-Tomé, de Principe et du Cap-Vert, les détenus condamnés à mort, y compris les nouveaux chrétiens (Juifs convertis) et certains enfants des marranes, issus de la communauté juive espagnole réfugiée sur son territoire, dont l’âge était compris entre 3 et 14 ans.
Déjà dans les années 1460, quand les Portugais découvrent les quatorze îles du Cap Vert, ils utilisent l’archipel comme une station de ravitaillement sur la route du Nouveau monde (l’Inde ou l'Amérique) comme une escale pour la traite, où ils se ravitaillaient en combustible (charbon). L'endroit deviendra un "refuge" pour des Juifs que l’inquisition cherchait à convertir sous peine de mort en cas de refus. Les premiers arrivent sur l’île principale de São Tiago.
En 1548, ils sont déplacés sur l'île de Santo Antao par l’inquisition. Quelques traces de leur présence demeurent dans la région, comme l'atteste un village appelé Synagoga et plusieurs cimetières. L’installation forcée des Juifs marque le début de la colonisation portugaise en Afrique. On retrouve également les traces d’une présence juive à São Tomé. L'île fut découverte en 1472, par deux navigateurs portugais, Joao de Santarem et Pêro Escobar.
En 1485, le roi du Portugal va encourager l’installation des colons sur ces îles sans hommes. "En 1484, Jean II du Portugal, trouvant que le climat de l’île était si malsain, donna aux Juifs de son royaume le choix d’être baptisés catholiques ou de coloniser São Tomé et d’y épouser des femmes amenées d’Angola", écrit, en 1864, l’explorateur William Reade dans son livre "Savage Africa".
Le roi Manuel du Portugal, à la recherche de financements pour son expansion coloniale, va décider également d’imposer de lourds impôts aux Juifs. La majorité ne parvenant pas à les payer, il exila leurs jeunes enfants à São-Tomé et à Principe en représailles. Ainsi, deux mille jeunes enfants de moins de 8 ans seront séparés de leurs parents et déportés dans ces îles. Ce fait historique a été considéré comme "la première déportation massive anti-juive au Portugal" au XVe siècle. Cette déportation a servi pour peupler le nouveau comptoir africain appartenant à la couronne portugaise.
Des îles inhospitalières à cause de la séchéresse et des reptiles
L’objectif des rois portugais était de constituer un véritable empire par la conquête militaire, religieuse et économique. Or, les premiers contacts établis au Cap Vert et à São-Tomé avaient montré le côté inhospitalier de ces lieux. Les îles du Cap Vert étaient soumises aux vents et à une sécheresse endémique qui interdisaient une agriculture rentable. Quant à celle de São-Tomé, elle fut vite connue comme étant "l’île aux lézards" à cause des reptiles et crocodiles géants qui la peuplaient. Mais par sa situation géographique, elle s’avérait un relais essentiel pour organiser les expéditions vers les Indes, terres de toutes les richesses. C'est ainsi que la canne à sucre et le cacao furent introduits à São-Tomé, faisant de cet archipel le principal producteur de sucre. Une culture qui demandait une main-d’œuvre importante.
Au cours des XVIe et XVIIe siècles, la couronne poussa les marchands juifs du Cap Vert à s’installer sur les côtes de Guinée et de Sénégambie (actuels Sénégal et Gambie) pour pratiquer le commerce de l’ivoire, des peaux, de l’or et aussi des esclaves. Ces commerçants dénommés lançados (de lançar, "rejeter") étaient souvent d’origine juive. Le plus souvent, ils prirent des épouses africaines et se métissèrent avec la population locale. Le groupe des Mavumba, au Cabinda en Angola, reconnu pour ses potiers, fut considéré comme descendant de Juifs expulsés et déportés à São-Tomé. Entre 1850 et 1900, des Juifs s’installèrent en Angola et au Mozambique, colonies portugaises. Le nom de la capitale du Mozambique était Lourenço Marquès, devenue Maputo à l’indépendance du pays. Puis, ce fut des comptoirs où des familles juives s'implantèrent, en provenance d’Anvers ou d’Amsterdam. Cet exode des juifs portugais vers l’Afrique fut relayé par celui des Juifs d’origine portugaise fixés aux Pays-Bas. Les deux mouvements sont à distinguer : le premier fut sous la contrainte, le second fut volontaire. La communauté juive des Pays-Bas s’expatriant pour développer un commerce naissant entre l’Afrique et les nations les plus puissantes économiquement de l’Europe du Nord et du Sud. Une deuxième arrivée de Juifs au Cap Vert, fuyant pour la plupart des persécutions, eut lieu au XIXe siècle, en provenance du Maroc et de Gibraltar.