Les opérations de balisage et de dragage ne sont pas menées de manière régulière pour assurer la fluidité des trafics sur les 4300 km que représente le réseau fluvial national. Les agents publics sont sous-équipés pour réaliser le contrôle des équipages en partance des ports.
Les voies navigables connaissent des problèmes liés à l'irrégularité des régimes pluviométriques ; pendant la période d 'étiage, les lits des cours d'eau sont parsemés de bancs de sable empêchant la circulation des embarcations lourdes. Sur la Sangha, par exemple, le trafic est interrompu entre Brazzaville et Ouesso de mars à mai. C’est aussi le cas au port fluvial d’Oyo, dans le département de la Cuvette, où le transport du bois peine à y transiter à cause de l’ensablement.
La Direction générale de la navigation fluviale(Digenaf) est l’organe technique de l’Etat chargé de coordonner les navigations en eaux intérieures, notamment sur l’axe Oubangui, Sangha, Alima, Pool- Malebo, Kouilou. Pour son directeur général, Faustin Bobongo-Ibarath, la navigation fluviale meurt si l’État congolais n’appuie pas le secteur. Car, le sous-secteur de la navigation fluviale est aussi confronté à un problème de main-d’œuvre qualifiée.
Lors d’une séance de travail avec la ministre des Transports, de l’Aviation civile et de la Marine marchande, Ingrid Olga Ghislaine Ebouka-Babackas, le responsable de la Digenaf a exposé ses doléances à la tutelle. La solution passe, d’après la tutelle, par l’équipement des armateurs publics, la formation des cadres et du personnel navigant. Vingt-deux étudiants congolais sont en formation à l’École régionale de formation aux métiers de la navigation intérieure, à Kinshasa(RDC).
Des atouts à exploiter…
Les voies d’eau intérieures sont constituées par le Fleuve Congo et ses affluents, et par d'autres cours d'eau dont les régimes subissent l'influence du climat et des sols. À l'aval de Brazzaville, le cours du Fleuve Congo est coupé de rapides, de cataractes et de chutes infranchissables. Le Congo est navigable toute l'année en amont de Brazzaville sur 610 kilomètres environ.
Le réseau fluvial secondaire est constitué, d'une part par les autres affluents du Congo, d'autre part par de nombreux petits cours d'eau. La Likouala a un régime hydrologique irrégulier. Elle est navigable entre Mossaka et Etoumbi (475 km) d'octobre à juin. L'Alima, d'une longueur de 600 km, a un régime plus régulier. Elle coule dans des terrains très perméables. Les étiages sont atténués par le fait qu'une nappe phréatique abondante restitue à la rivière une grande partie de l'eau emmagasinée. Elle est aussi navigable entre Boundji et son confluent avec le Congo.
La Nkéni arrose une partie de la région des plateaux Batéké. Elle bénéficie des mêmes conditions géologiques que l'Alima, mais elle est navigable seulement entre le Congo et Gamboma (110 km) pendant 11 mois. La Ngoko, affluent de la Sangha, est navigable de Ouesso à Ngbala. La Motaba, affluent de l'Oubangui, est accessible jusqu'au village de Bangui-Motaba (190 km) et les baleinières ne dépassant pas 20 m de long peuvent y circuler en toutes saisons.
L'Ibenga est le deuxième affluent de rive droite de l'Oubangui. Il est navigable de Boyélé à Mampoutou (220 km) pour les convois de 20 tonnes. Le Kouyou, affluent de la Likouala-Mossaka, est navigable seulement pendant 9 mois, de fin septembre à fin juin. La Likouala aux herbes, entre Mossaka et Épéna, n'est navigable que pendant six mois, de septembre à février. La navigation, parfois difficile en janvier-février, se fait sur 240 km jusqu'à Owando.